Pesantren merupakan lembaga pendidikan non formal yang didirikan oleh seorang ahli agama untuk memperbaiki umat. Pesantren pertama kali didirikan oleh salah seorang anggota Wali Songo, Sunan Giri. Dulu pesantren hanya berupa bilik-bilik kamar kecil yang ditempati oleh santri, sebutan pelajar di pondok pesantren. Kegiatan pembelajarannya sendiri dikerjakan di masjid.
Seiring perkembangan zaman, pesantren telah tersebar ke pelosok negeri. Bahkan banyak diantaranya yang telah memiliki banyak santri. Contoh pesantren yang telah berkembang dan masih hingga kini adalah Lirboyo, Kediri. Di pesantren sendiri santri diajari berbegai ilmu, seperti ilmu agama, ilmu umum (sains), ilmu teknologi dan komunikasi ilmu bahasa.
Sekarang ini banyak sekali pondok-pondok pesantren di Indonesia dengan beragam-ragam bentuk. Ada yang namaya pondok modern, pondok khalaf dan pondok salaf. Pondok modern adalah pondok yang berbasis modern atau baru. Jadi pondok modern ini menggunakan sistem-sistem pengajarannya yang baru dan kitab-kitabnya yang diperbaharui dan diringkas sedemikian rupa dari kitab-kitab lama untuk mempermudah da;am pembelajarannya. Sekalipun bahasa Arab diajarkan, namun penguasaanya tidak diarahkan untuk memahami bahasa Arab terdapat dalam kitab-kitab klasik. Penguasaan bahasa Arab dan Inggris cenderung ditujukan untuk kepentingan-kepentingan praktis.
Salah satu sistem pengajarannya yang sangat mencolok dibanding pondok-pondok lain adalah sistem dwi-bahasa nya. Sistem dwi-bahasa yaitu sistem dimana seorang santri harus berbahasa Arab dan Inggris dalam sehari-harinya. Satu minggu berbahasa Arab dan satu minggu berbahasa Inggris dan terus bergantian. Sistem itu sangat berguna sekali karena dengan sistem itu secara tidak sengaja santri jadi bias berbahasa Arab maupun Inggris. Karena bias berbahasa itu karena terbiasa. Dan juga apabila tidak berbahasa Arab atau Inggris dalam bercakap sehari-harinya maka akan dikenakan iqob atau sanksi sesuai dengan perarturan yang berlaku di pondok tersebut. Jadi santri-santri terpacu untuk bisa berbahasa.
Pondok pesantren Khalafi merupakan model pesantren yang mencoba mengikuti perkembangan zaman dengan tetap mempertahankan tradisinya, yaitu mengkaji kitab-kitab klasik. Upaya pesantren Khalafi agar dapat berkembang seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi adalah diajarkannya ilmu-ilmu umum di lingkungan pesantren, yang biasanya pesantren ini membuka lembaga pendidikan model madrasah maupun sekolah untuk mengajarkan pelajaran umum. Biasanya, santri tetap tinggal di pesantren untuk mengikuti kajian kitab-kitab klasik di sore, malam, dan pagi setelah Shubuh, setelah itu mereka mengikuti pelajaran umum di madrasah maupun sekolah.
Istilah Khalafi kadang juga diartikan sebagai Modern, lawan kata dari istilah Salafi. Pesantren Khalafi juga berarti pesantren Modern. Tapi dalam pesantren Khalafi, mengikuti perkembangan ilmu pengetahuan dan memelihara tradisi (mengkaji kitab klasik) adalah ciri khasnya. Kitab klasik menjadi kajian utama di pesantren Salafi/Khalafi dan biasanya, ketika mengkaji kitab klasik tertentu sampai selesai (khatam). Misalnya: mengkaji kitab Tafsir Jalalain sampai khatam.
Bagi pesantren modern, tidak lagi mengutamakan kajian kitab-kitab klasik dalam proses pembelajaran, tapi kitab-kitab berbahasa Arab yang ditulis oleh para tokoh muslim abad 20. Walaupun kadang di pesantren Modern masih menggunakan sebagian kitab-kitab klasik, tapi bukan menjadi kajian utamanya, tapi hanya menjadi referensi tambahan dan tidak dikaji sampai selesai (khatam). Di samping itu, pondok modern juga menekankan pada penguasaan bahasa asing, seperti bahasa Arab dan bahasa Inggris dan budaya kedisplinan yang sangat ketat. Penguasaan bahasa asing ini untuk membekali para santri agar dapat bersaing di dunia global dan dapat membaca kitab-kitab kontemporer baik yang menggunakan bahasa Arab maupun bahasa Inggris.
Pesantren salafiyah merupakan jenis pesantren yang didalamnya masih mempertahankan keasliannya. Artinya, sistem pembelajaran yang terjadi didalamnya sama seperti saat pertama didirikan ataupun jika mengalami perubahan hanya bersifat minoritas saja. Pesantren salafiyah cenderung menerapakan sistem bandongan dan sorogan. Sistem bandongan sendiri merupakan pola pembelajaran yang menekankan pada hafalan para santri. Biasanya sistem ini diterapkan kepada santri untuk menghafal nadhoman, seperti alfiah ibnu malik, imrithi, jurumiyah, shorof dan lain-lain.
Sedangkan sistem sorogan merupakan pola pembelajaran yang menekankan terhadap perkembangan kemampuan santri dalam membaca kitab kuning. Kitab kuning disini merupakan kitab berbahasa arab yang belum ada harakatnya sama sekali. Kitab ini juga sering disebut dengan nama kitab gundul. Kitab ini biasanya diajarkan secara bertahap terhadap santrinya.
Sorogan adalah membaca kitab kuning dengan disimak seorang kiyai atau ustadz. Dan membacanya dengan terjemahan Bahasa daerah biasanya. Jadi dengan sistem sorogan ini santri-santri lama kelamaan akan bisa mengerti ilmu alat atau ilmu nahwu dan shorof Karena dengan sistem sorogan ini santri santri jadi mengerti kedudukan kalimah tersebut dan artinya karena dalam sorogan itu ada yang namanya rujukan. Rujukan itu adalah suatu singkatan dari penulian terjemahan dan itu adalah singkatan dalam kedudukan suatu kalimat. Seperti huruf mim adalah singakatan dari mubtada. Huruf kho’ adalah singkatan dari Khobar dan lain sebagainya.
Dari penjelasan diatas bisa kita lihat bahwa setiap pesantren ini memiliki tradisi yang sedikit berbeda. Perbedaan ini hanya pada penekankan pada tradisi kajian kitab-kitab klasik dan upaya pesantren dalam menghadapi perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi.
Bagi pesantren Salaf mempertahankan tradisi menjadi ciri utamanya. Pesantren ini cenderung tidak terpengaruh oleh perubahan sosial dan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, khususnya dalam pengembangan kurikulum, pesantren ini tetap mempertahankan kurikulum keislaman, bahkan tidak memasukkan ilmu-ilmu umum dalam proses belajar mengajar. Pesantren Salaf lebih mengutamakan lulusan yang ahli dalam bidang ilmu agama saja, sehingga menjadi tempat reproduksi ulama yang paling sukses. Kelemahan pesantren Salaf adalah lulusannya hanya menguasai ilmu-ilmu agama dan tidak menguasai ilmu-ilmu umum, sehingga mayoritas santri lulusan dari pesantren ini tidak dapat bekerja di tempat-tempat publik/pemerintahan, seperti Pegawai Negeri atau di perusahan/pabrik, karena mereka tidak memiliki ijasah sebagai wujud pengakuan pemerintah. Akan tetapi, biasanya, dalam proses pembelajaran di pesantren ini, santri dididik di samping menjadi ahli dalam berdakwah juga berwiraswasta, sehingga banyak lulusan dari pesantren ini selain jadi kyai/ustadz juga sebagai pengusaha.
Bagi pesantren Khalafi, perubahan sosial dan pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi perlu diapresiasi, agar santri juga dapat mengikuti perkembangan zaman. Sehingga, pesantren ini membuka lembaga pendidikan model madrasah atau sekolah untuk memberikan bekal ilmu-ilmu umum bagi para santrinya, sedangkan ilmu agama di berikan di pesantren. Kelemahan model pesantren Khalafi adalah santri akan mendapatkan pelajaran yang lebih banyak, baik di pesantren maupun di madrasah/sekolah. Pelajaran agama di pesantren juga kurang maksimal sebagaimana di pesantren Salafi-Tradisionalis. Adapun kelebihannya, pesantren Khalafi dapat memberikan pendidikan yang seimbang bagi santrinya, yaitu ilmu agama dan ilmu umum. Di samping itu, santrinya dapat melanjutkan di sekolah/madrasah/perguruan tinggi formal setelah santri tersebut lulus dari pesantren karena mereka mendapatkan ijasah dari madrasah/sekolah yang didirikan pesantren.
Bagi pesantren Modern, perubahan sosial dan pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi harus ditekankan, bahkan harus dikuasai agar santri dapat berperan aktif dalam pembangunan Negara. Selain itu, pesantren modern juga berupaya keras agar santrinya memiliki wawasan yang luas tentang agama Islam dan ilmu pengetahuan, sehingga di pesantren ini diajarkan ilmu agama dari kitab-kitab kontemporer bukan hanya kitab klasik, dan juga penguasaan bahasa asing (khususnya bahasa Arab dan Inggris) menjadi ciri utamanya agar santri dapat bersaing di dunia global. Walaupun pesantren ini tidak mengikuti kurikulum pemerintah sehingga tidak mendapatkan ijasah formal sebagaimana di pondok Modern Gontor, tapi lulusannya diakui oleh pelbagai perguruan tinggi, khususnya perguruan tinggi Islam baik di Indonesia maupun Timur Tengah. Agar lulusannya diakui oleh pemerintah/Negara lain, biasanya para santri mengikuti ujian persamaan atau Mu’adalah. Dari hasil ujian ini, santri lulusan pesantren Modern dapat diterima oleh perguruan tinggi Islam baik di Indonesia maupun luar negeri. Sehingga, mereka dapat berperan aktif bagi pembangunan bangsa Indonesia, misalnya banyak lulusan santri Gontor yang menjadi pejabat/pimpinan Organisasi Masyarakat (Ormas) Islam. Contoh: Hidayat Nur Wahid mantan Ketua MPR dan mantan Ketua Umum Partai PKS, Din Syamsudin sebagai ketua umum Muhammadiyah, Nurcholis Madjid sebagai tokoh pembaharu muslim Indonesia, dan lain sebagainya.
Lalu yang membedakan pendidikan Islam pada zaman dahulu yaitu sistem-sistemnya. Jika dulu belajar suatu ilmu itu harus satu per satu sedangkan dalam sistem baru belajar suatu ilmu bisa sampai enam sekaligus karena sudah terprogram dan diringkas sedemikian rupa supaya mempermudah pembelajarannya. Dan juga dirasa lebih efektif dalam pengajarannya seperti yang ada pada pondok-pondok pesantren pada saat ini. Mereka sudah memberikan sumber-sumber pelajaran atau kitab dengan beberapa ilmu yang ada di pelajaran pondok itu. Lalu sistem yang membedakannya lagi yaitu dulu Pelajaran suatu ilmu, hanya dikerjarakan dalam satu macam kitab saja tidak tingkatan-tingkatan nya. Sedangkan sekarang sudah ada tingkatan-tingkatan nya yaitu pelajaran suatu ilmu di ajarkan dalam beberapa macam kitab: rendah, menengah dan tinggi. Dengan sistem itu dapat mempermudah seorang anak didik atau santri dalam belajar dan lebih efektif. Karena apabila anak yang masih belum mengenal kitab sama sekali lalu belajar kitab tingkatan yang tinggi maka dia akan kesulitan dan itu belum waktunya mempelajari itu, dan begitupun sebaliknya.Jadi banyak sekali pengaruh-pengaruh yang disebabkan modernisasi pendidikan Islam dari sistem lama ke sistem baru seperti yang ada pada pondok-pondok pesantren saat ini.
Belajar Bareng 